Im 16. Jahrhundert gab es in Kroatien eine starke protestantische Bewegung. Schon 1562-63 wurde das Neue Testament ins Kroatische übersetzt und in Bad Urach gedruckt. In der folgenden Gegenreformation wurden diese Anfänge zerschlagen. Aber nicht alle Anfänge: Der Reformator Mihály Sztárai gründete auf dem Gebiet des heutigen Ostkroatiens und Südungarns 120 Kirchengemeinden, von denen ein Teil noch heute existiert.

Die Mehrheit der reformierten Gemeinden in Kroatien ist ungarischsprachig, aber es gibt auch einige kroatische Gemeinden. Bis zur Unabhängigkeit Kroatiens 1991 war die reformierte Kirche in Kroatien Teil der 1931 gegründeten Reformierten Christlichen Kirche in Jugoslawien. Diese Kirche vereinte die nach dem Ersten Weltkrieg zum Königreich Jugoslawien zählenden ungarisch- und deutschsprachigen, sowie die ganz wenigen kroatischen und tschechischen reformierten Gemeinden.

1992 erfolgte die Neubildung der reformierten Kirche in Kroatien. Dieser Prozess wurde von innerkirchlichen Spannungen begleitet und hatte zwei Abspaltungen zur Folge.

Die Kirche ist Mitglied der Weltgemeinschaft Reformierter Kirchen, der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa, des Ökumenischen Rats der Kirchen, der Konferenz Europäischer Kirchen, der Ungarischen Reformierten Kirche (d.h. der Union der Reformierten Kirchen im Karpaten-Becken) sowie der Ökumenischen AG der Kirchen in Kroatien.

In der Republik Kroatien sind die Protestanten verschiedener Denominationen gesetzlich als religiöse Minderheiten anerkannt. Einige ihrer Kirchenorganisationen erhalten für die Pfarrgehälter Unterstützung vom kroatischen Staat.